Paulo Fidalgo entrou para a União de Estudantes Comunistas (UEC) em 1973 e integrou a direcção da Associação de Estudantes da Faculdade de Medicina nos anos subsequentes. Depois do 25 de Abril foi membro da Direcção Central do Ensino Superior da UEC. Em 1978, no início da vida profissional em Medicina, foi eleito para a Comissão Sindical de curso e participou em 1979 na fundação do Sindicato dos Médicos da Zona Sul, do qual foi vice-presidente. Nos anos seguintes participou regularmente no sector da Saúde do PCP. Foi membro da Comissão de Saúde do PCP até ao ano 2000. Depois do XVI Congresso do PCP, optou por afastar-se face às sanções aplicadas a Carlos Brito, Edgar Correia, Carlos Luís Figueira e a João Amaral. Em 2005 constituiu com outros comunistas a Associação Renovação Comunista.